Рукоделие фото: Рукоделие для дома (фото) | 100+ Идей [Своими руками]

Рукоделие для дома (149 фото) — фото

Лоскутное шитье Квилтинг Америка

Пасхальная Курочка Тильда

Оригинальные подушки

Рукоделие для дома

Подушки в стиле пэчворк

Вязаные интерьерные вещи

Вязаные штучки для интерьера

Пэчворк Бабушкин квадрат

Рукоделие для дома

Плед пэчворк спицами

Вязаный декор для дома

Плетеные коврики из старых вещей

Грелка на чайник

Рукоделие для дома

Подарок для рукодельницы

Вязаные штучки для интерьера

Рукоделие для интерьера

Подушка на стул

Пэчворк идеи

Вязаные интерьерные вещи

Вязаный коврик из помпонов

Рукоделие для дома

Вязаные подушки

Коврики своими руками

Дизайнерские штучки для интерьера

Рукоделие для дома

Коврик из вязаных цветов

Вязаные штучки для интерьера

Рукоделие для дома

Рукоделие для дома

Шторы из лоскутков

Рукоделие подушки

Лоскутные изделия

Рукоделие из ткани

Уютное рукоделие

Необычное рукоделие

Креативное рукоделие

Подушки декоративные рукодельные

Текстильный декор для кухни

Коврик из подручных материалов

Вязаные плетеные коврики

Декор из Мешковины

Органайзер для рукодельницы

Рукоделие для дома

Лоскутные домики

Креативное рукоделие

Креативное рукоделие

Рукоделие для дома

Необычные коврики

Игольницы вышитые лентами

Лоскутные мелочи для кухни

Рукоделие для дома своими

Сувениры из Мешковины

Рукоделие для дома

Красивое рукоделие

Текстильные игольницы

Стильное рукоделие

Подушки в стиле пэчворк

Креативное рукоделие

Наборы — лоскутное шитье «Peppy» PLW-0119 набор Викторианские розы.

Текстильные штучки для кухни

Креативное рукоделие

Органайзер для рукоделия

Ковер из бабушкиных квадратов

Вязаные подушки в интерьере

Креативное рукоделие

Поделки для домашнего уюта

Необычное рукоделие

Вязаные штучки для интерьера

Вязаные плетеные коврики

Коврик из помпонов

Новогодние подушки пэчворк

Ковер своими руками

Подушки своими руками крючком

Пэчворк корзинка для рукоделия

Интересные идеи для творчества

Рукоделие из ткани

Необычные коврики

Коврик крючком

Log Cabin блок пэчворк

Коврики своими руками

Рукоделие хенд мейд

Рукодельные штучки

Рукоделие из кусочков ткани

Изделия из ткани

Вязаные интерьерные вещи

Декор из ткани

Рукоделие из ткани

Креативное рукоделие

Подарочные мешочки из Мешковины

Коврик крючком для начинающих

Органайзеры для рукоделия пэчворк

Оригинальные коврики крючком

Креативное рукоделие

Красивое рукоделие

Лоскутные подушки

Рукоделие для дома оригинальные

Необычное рукоделие

Идеи для рукоделия

Рукоделие для дома своими руками

Лоскутные мелочи для кухни

Рукоделие лоскутное шитье

Коврикиз остатов пряжи

Коврик из трикотажных полосок

Шторы из Лоскутов

Рукоделие вязаные коврики

Диванные подушки пэчворк

Красивые игольницы

Милые вещицы для интерьера

Текстильные мелочи для кухни

Шедевры рукоделия

Интерьерное рукоделие

Вязание коврика крючком из ниток

Декоративные подушки в интерьере

Оригинальные поделки для дома

Вязаные штучки для интерьера

Вязаные корзинки крючком

Дом рукоделия

Уютное рукоделие

Прикладное рукоделие

Креативное рукоделие

Шедевры рукоделия

Креативное рукоделие

Рукоделие из текстиля

Необычные коврики

Комната вязальщицы

Необычные вязаные ковры

Ковер из помпонов

Современные виды рукоделия

Вязаный коврик из помпонов

Оригинальное рукоделие

Лоскутное шитье

Сумочка для рукодельницы

Коврики из трикотажной ткани

Декор из кухонной утвари

Подушка из лоскутков ткани

Рукоделие из Мешковины

Коврик из остатков плюша

Шедевры рукоделия

Gfyj BP atnhf

Декор для кухни

Японское рукоделие для кухни

Подушки сидушки

Лоскутные коврики

Вязаные шкатулки

Панно в стиле пэчворк

Пэчворк корзинка для рукоделия

Креативное рукоделие

Декоративные штучки для кухни

фото и примеры рукоделия от мастеров Профи

https://profi. ru/documents/terms-of-use/

Рукоделие

Ирина Судьина

Бычок Борюсик, интерьерная игрушка 🔸️Рост 40 см (без учета рожек) 🔸️Тело полностью на каркасе (ручки, ножки сгибаются) 🔸️Рожки и копытца из полимерной глины 🔸️Вся одежда снимается⠀

https://profi.ru/documents/terms-of-use/

Вышивка и декорирование

Екатерина Литвина

Комбинезоны из мериносовой шерсти

https://profi.ru/documents/terms-of-use/

Рукоделие

Ирина Черняева

Платье крючком на заказ

https://profi.ru/documents/terms-of-use/

Рукоделие

Ирина Черняева

Юбочка крючком для девочки

https://profi.ru/documents/terms-of-use/

Рукоделие

Людмила Макарова

Вязаное пальто ручной работы Клематисы

https://profi. ru/documents/terms-of-use/

Рукоделие

Людмила Макарова

Вязаное Пальто ручной работы «Клематисы»

https://profi.ru/documents/terms-of-use/

Рукоделие

Елена Калядина

Детский плед

https://profi.ru/documents/terms-of-use/

Рукоделие

Елена Калядина

Детский плед

https://profi.ru/documents/terms-of-use/

Рукоделие

Елена Калядина

Нежный, мягкий, тёплый плед для детишек из турецкой пряжи Alize puffy. 100 % микрополиэстр. Ручная работа. Не раздражает кожу, не кусается, гипоаллергенный. Малышу будет приятно как спать, так и играть с ним. Подойдет как в кроватку, так и в коляску. Подойдет даже на выписку, т.к. такой пледик подойдет для малыша с первых дней жизни! Размер 85 см × 90 см, 2 см в толщину.

https://profi. ru/documents/terms-of-use/

Рукоделие

Елена Мамедова

Снуд на девочку

https://profi.ru/documents/terms-of-use/

Рукоделие

Елена Мамедова

варежки-ежики и шарф в два оборота

https://profi.ru/documents/terms-of-use/

Рукоделие

Елена Мамедова

вяжу на заказ варежки-ежики

https://profi.ru/documents/terms-of-use/

Рукоделие

Елена Мамедова

Мужская шапка

https://profi.ru/documents/terms-of-use/

Рукоделие

Елена Мамедова

варежки-ежики

https://profi.ru/documents/terms-of-use/

Рукоделие

Ольга Мамонова

Все игрушки НЕ моей работы. Моя задача: вышить 2020 на каждой.

https://profi.ru/documents/terms-of-use/

Рукоделие

Анна Гришина

Именной грызунок-прорезыватель из пищевого силикона

https://profi.ru/documents/terms-of-use/

Рукоделие

Анна Гришина

Именной грызунок-прорезыватель из пищевого силикона

https://profi.ru/documents/terms-of-use/

Рукоделие

Анна Гришина

Держатель для пустышки из пищевого силикона и дерева

https://profi.ru/documents/terms-of-use/

Вязание

Наталья Романюк

Интерьерная игрукшка. Платье и туфельки могу связать в другом цвете

https://profi.ru/documents/terms-of-use/

Рукоделие

Анна Гришина

Упаковка

https://profi. ru/documents/terms-of-use/

Рукоделие

Анна Гришина

Именной грызунок-хваталка из пищевого силикона

https://profi.ru/documents/terms-of-use/

Рукоделие

Анна Гришина

Именной грызунок-прорезыватель трансформер из пищевого силикона и дерева

https://profi.ru/documents/terms-of-use/

Рукоделие

Анна Гришина

Слингобусы из пищевого силикона

https://profi.ru/documents/terms-of-use/

Рукоделие

Анна Гришина

Держатель для пустышки из пищевого силикона

https://profi.ru/documents/terms-of-use/

Рукоделие

Анна Гришина

Упаковка

https://profi.ru/documents/terms-of-use/

Рукоделие

Анна Гришина

Именной грызунок-прорезыватель из пищевого силикона

https://profi.

ru/documents/terms-of-use/

Рукоделие

Анна Гришина

Именной грызунок-хваталка из пищевого силикона

https://profi.ru/documents/terms-of-use/

Рукоделие

Анна Гришина

Именной грызунок-прорезыватель из пищевого силикона и дерева

https://profi.ru/documents/terms-of-use/

Рукоделие

Анна Гришина

Слингобусы из пищевого силикона

https://profi.ru/documents/terms-of-use/

Рукоделие

Анна Гришина

Именной грызунок-прорезыватель из пищевого силикона

Заработайте на том,

что делаете лучше всехСтать профи

Needlework — Bilder und Stockfotos

Bilder

• Bilder
• Fotos
• Grafiken
• Vektoren
• Videos

Durchstöbern Sie 2.

317.978 needlework Stock-Fotografie und Bilder. Oder starten Sie eine neuesuche, um noch mehr Stock-Photografie und Bilder zu entdecken.

Sortieren nach:

Am beliebtesten

handgefertigte gewebte tagesdecken im Traditionalellen turkischen stil werden auf einem straßenmarkt verkauft — материалы для рукоделия, фото и фотографии

Handgefertigte gewebte Tagesdecken im Traditionaltürkischen…

материал Sauber sortiert — вышивка стоковые фото и фотографии

Материал Sauber sortiert

Stoff ordentlich sortiert

maßgeschneidertes набор иконок линии портного — вышивка стоковая графика, -clipart -cartoleons

Maßgeschneidertes Tailor Line Icon Set

Maßgeschneiderte Tailor Vector Style Editable Stroke Thin Line Icons в 32-пиксельном растре с 1 пиксельным начертанием. Уникальный стиль Pixel Perfect Icons предназначен для Infografiken, Mobile und Web и так далее.

näh- und schneidsatz — рукоделие — графика, -клипарт, -мультфильмы и -символы

näh- und Schneidsatz

bastel-hobbyhintergrund mit garn in naturfarben — рукоделие — фото и фотографии

Bastel-Hobbyhintergrund mit Garn 03kherben

bastel-hobbyhintergrund mit garn in naturfarben Hobbyhintergrund mit Garn в Naturfarben. Beruhigendes, без стресса Hobby für kaltes Herbst- und Winterwetter. Мокап, Copyspace, Draufsicht

frauenhand stricken hautnah — рукоделие стоковые фотографии и изображения

Frauenhand stricken hautnah

lindgrün gewebte bezugsstoffstruktur — needlework stock-fotos und bilder

Lindgrün gewebte Bezugsstoffstruktur

leere schwarze und weiße rechteck bestickt patch mockup, ansicht von oben — needlework stock-fotos und bilder

Leere schwarze und weiße Rechteck bestickt Patch Mockup, Ansicht …

Просмотреть Schwarz-Weiß-Rechteck gesticktes Patch-Mockup, Draufsicht, 3D-рендеринг. Leres Textil runde Ecken Abzeichen Mock up, isoliert. Übersichtliches symbolisches Sticketikett für Schultergurtschablone.

знак и символ рукоделия. векторный набор. — графика для рукоделия, -клипарт, -мультфильмы и -символы

Nähen и символы для рукоделия. Векторный набор.

Азиатско-китайский арбитр, штамп в einem nähstudio hintereinander arbeitet — рукоделие, фото и фотографии

Азиатско-китайский арбитр, die in einem Nähstudio…

nähzubehör auf holz — рукоделие, сток фото и фото

schriftart mit faden genäht — рукоделие — графика, -клипарт, -мультфильмы и -символ

Zick-Zack-Schriftart mit Faden genäht

Zickzack-Schriftart mit Faden, Stickschrift Alphabet Buchstaben und Zahlen Vektor Illustration genäht

junge mädchen tun einige handarbeiten — needlework stock-fotos und bilder

Junge Mädchen tun einige Handarbeiten

stickerei in bearbeitung dreschansicht — фото и фото рукоделия

Stickerei in Bearbeitung Dreschansicht

nahaufnahme einer nähmaschine. — фото и фотографии для рукоделия

Nahaufnahme einer Nähmaschine.

Nahaufnahme einer Nähmaschine in der Nähwerkstatt. Nahkonzept.

nähen-hintergrund — стоковые фото и фотографии для рукоделия

Nähen-Hintergrund

Nähfäden mehrfarbiger Hintergrund Nahaufnahme

Schuss von einem sonnigen mode-design-studio. wir sehen arbeiten personalcomputer, hängende kleidung, nähmaschinen und verschiedenen nähen verwandte elemente auf dem tisch, schaufensterpuppen stehend, bunte stoffe. — фото и фотографии рукоделия

Schuss von Einem Sonnigen Mode-Design-Studio. Wir sehen arbeiten…

nahaufnahme der silberfadentextur, diagonale linienhintergrund-imange — needlework stock-fotos und bilder

Nahaufnahme der Silberfadentextur, diagonale Linienhintergrund-Ima

Nahaufnahme der Silberfadentextur, Hintergrundbild der diagonalen Linie

struktur tapete mit linien — needlework stock-fotos und bilder

Struktur Tapete mit Linien

Strukturtapete mit Linien

buntes set von nähfäden, strängen aus wollgarn und werkzeugen für handarbeit. — рукодельный сток-график, -клипарт, -мультики и -символ

Buntes Set von Nähfäden, Strängen aus Wollgarn und Werkzeugen für

Bunter Satz Nähfäden, Stränge aus Wollgarn und Werkzeuge für die Handarbeit. Trendige handgezeichnete Vektorillustration. Alle Objekte sind isoliert

Stapel von quadratischen stücken aus bunten stoffen, accessoires zum quilzen — рукоделие stock-fotos und bilder

Stapel von quadratischen Stücken aus bunten Stoffen, Accessoires…

schneiderin beugte sich über tisch und säumte stock rotes графика, -клипарт, -мультфильмы и -символ

Schneiderin beugte sich über Tisch und säumte rotes Tuch

Schneiderin beugte sich über Tisch und säumte rotes Tuch. Nadelfrau bei der Arbeit näht isoliert auf weißem Hintergrund. Handgefertigte Mode Atelier Schneiderin Cartoon Kollektion

Кавказские пожилые и заплатки для джинсовых шлангов — рукоделие, фото и фотографии

Кавказские пожилые и патченные джинсовые шланги

copyspace frame mit nähen-tools und accessoires — рукоделие, стоковые фотографии и изображения

Copyspace frame mit Nähen -инструменты и аксессуары

gestell aus der schneiderei objekte — стоковые фотографии и изображения для рукоделия

Gestell aus der Schneiderei Objekte

накладные флаки для легенд, фон verschiedenen nähen auf weißemhintergrund — рукоделие стоковые фотографии и иллюстрации

накладные флаки для легенд, фон verschiedenen. ..

Flache Verlegung verschiedener Nähgegenstände auf weißem Hintergrund. Overhead-Ansicht von Kunst- und Handwerksprodukten, die nebeneinander angeordnet sind. Mehrfarbige Bastelmaterialien, die Kreativität repräsentieren.

nähmaschine — набор для рукоделия — графика, -клипарт, -мультфильмы и -символы

Машины

3D-Standort Gefaltete Papierkarte, suchleiste und pin — набор для рукоделия-графики, -clipart, -cartoons und -symbole

3D-Standort Gefaltete Papierkarte,suchleiste und Pin

3D-Standort Gefaltete Papierkarte,suchleiste und Pin isoliert. Синий символ GPS-Zeigermarkierungs. Символ GPS и навигации. Element für Karte, социальные сети, мобильные приложения. Realistische Vektordarstellung

leere banderole in blau für oktoberfest, (traditionelle deutsche namen für fest) vektorillustration isoliert auf weißemhintergrund — рукоделие, графика, клипарт, мультфильмы и символы

Leere Banderole in Blau für Oktoberfest, (traditionelle deutsche. ..

Leere Banderole in Blau für Bierfest, (традиционное немецкое имя для фестиваля) Vektorillustration isoliert auf weißem Hintergrund

es ist ein sehr beruhigender zeitvertreib, aber auch ein sehr kreativework stock-fotos und bilder

Es ist ein sehr beruhigender Zeitvertreib, aber auch ein sehr…

Beschnittene Aufnahme einer unkenntlichen Frau, die zu Hause stickt

eine Frau reicht stickende blume auf ein tuch zum entspannen — рукоделие фото

Eine Frau reicht stickende Blume auf ein Tuch zum Entspannen

Eine Frau stickt Blumen auf ein Tuch zum Entspannen

stickerei — рукоделие фото и фотографии

Stickerei

oktoberfest-konzept mit brezel und blauer simbol-flagrund auf fotos und bilder

Oktoberfest-Konzept mit Brezel und blue Simbol-Flagge auf…

Bierfest-Konzept mit Brezel, Bierkrug und blauer Simbol-Flagge auf Holzhintergrund, Kopierraum, Draufsicht, flache Verlegung, vertikal

eine frau schneider arbeitet an nähmaschine näht wieder stoffe aus alten jeans-kleidung — needlework stock-fotos und bilder

Eine Frau Schneider arbeitet an Nähmaschine näht wieder Stoffe. ..

Eine Schneiderin arbeitet an einer Nähmaschine und verwendet Stoffe aus alten Denim- Кламоттен. Das Konzept der wirtschaftlichen Wiederverwendung von Wertstoffen. Hausgemachtes Handarbeitshobby. Selektiver Fokus

porträt einer älteren frau, die zu hause strickt — рукоделие стоковые фотографии и изображения

Porträt einer älteren Frau, die zu Hause strickt

nähkurs für anfänger banner vorlage. Handgezeichnete illustration von nähwerkzeugen — рукоделие, графика, клипарт, мультфильмы и символы

Курсы для Anfänger Banner Vorlage. Handgezeichnete…

Nähkurs für Anfänger Bannervorlage

Stickmaschine stitching — рукоделие, стоковые фотографии и изображения

Stickmaschine stiching

baumwollstoff mit etikett mit der aufschrift «100% recycelter stoff» — рукоделие, стоковые фотографии и изображения

Stickmaschine stiching

baumwollstoff mit etikett mit der aufschrift0016 Baumwollstoff mit Etikett mit der Aufschrift «100% recycelter. ..

Baumwollstoff mit dem Etikett «100% recycelter Stoff»

herstellung von schmuck mit perlen — стоковые фотографии и фотографии для рукоделия

Herstellung von Schmuck 3 9003 0 Perlen Die Schmuck mit Perlen in ihrem Haus herstellt.

satz von multibändern. vintage-banner, vector collection. elemente für buch. hand gezeichnet altes design, abzeichen. graviertekalographie für ihr zeichen.

Затц фон Мультибандерн. Vintage-Banner, Vector Collection…. . damenhände gestrickt mit stricknadeln. handarbeiten, пораженный. handgefertigte arbeit. либхаберей. горизонтальные фото. — фото и фотографии для рукоделия

Ein Mädchen in einem weißen Пуловеры стрикт мит Stricknadeln….

Ein Mädchen im weißen Пуловер Strickt mit Stricknadeln. Frauenhände поражен Stricknadeln. Handarbeiten, Пораженный. Handgemachte Arbeit. Либхаберей. Горизонтальные фото.

Подростково-медицинский сад в Высшем саду в лесу spazieren — Вышивание фото и фото

Подростково-медицинский сад в Высшем саде в лесу spazieren

Werkzeuge und Zubehör für das nähen auf hölzernen Hintergrund. — стоковые фото и фотографии для рукоделия

Werkzeuge und Zubehör für das Nähen auf hölzernen Hintergrund.

Werkzeuge und Zubehör zum Nähen auf hellem Holzhintergrund. Драуфсихт.

Ручная работа с ручной росписью — фото и фотографии для рукоделия

Ручная работа с ручной росписью

Schneiderhand. Männliche Hände mit Nadel, Faden und Fingerhut. Концептуальная идея.

умирает танцгруппа Чарльстона. — фото и фотографии рукоделия

Die Charleston Tanzgruppe.

Eine Tanzgruppe tanzt den Charleston-Tanz in einer Reihe auf der Bühne. Sie können die Paillettenkleider, Beine und Tanzschuhe der Tänzer sehen.

Makro-Bild Der Roten Fadentextur Hintergrund-рукоятный санкт-фотос и Bilder

Makro-Bild Der Roten Fadentextur Hintergrund

älterer Mann, Der Ein Blaues Krebsbewusstseinstraum hält-nudwork-fotos und Bilder

reltertraum hält-lase-fotos und Bilder

. Älterer Mann mit einem blauen Krebsbewusstseinsband in der Hand

bunte швейные нитки linie spulen, groß und klein, schere und maßband auf einen weißenhintergrund aus holz-tischplatte, konzept und idee — рукоделие стоковые фотографии и коллекции

Bunte Sewing Thread Line Spulen, groß und klein, Schere und Maßba

Nähen und Stricken, Fäden, Maßband und Schere, bunt und organisiert

regale mit bunter wolle und garn im ladengeschäft stricken — рукоделие, набор фотографий и набор 900 Wolle und Garn im Ladengeschäft Striken

nähen und handarbeiten — символ линии — вышивка, графика, -клипарт, -мультфильмы и -символ

Nähen und Handarbeiten — Line Symbole

sammlung von nählinien-symbolen. Идеальное разрешение 48 x 48 пикселей. bearbeitbarer strich — рукоделие, графика, клипарты, мультфильмы и символы

Sammlung von Nählinien-Symbolen. 48 x 48 Pixel perfekt….

Wunderschön handgefertigter adventskalender — рукоделие

Wunderschön handgefertigter Adventskalender

mann am fenster hörnster — вышивка стоковая графика, -клипарт, -мультфильмы и -символ

Mann am Fenster hört zwei junge Frauen tratschen

Illustration aus dem 19. Ярхундерт.

Bunte Faden — стоковые фото и фотографии для рукоделия

Bunte Faden

Bunte Fadenspulen

verschiedene tools zur näherei. векторные изображения в ручной gezeichnete стиль — вышивка стоковой графики, -клипарт, -мультфильмы и -символ

Verschiedene Tools zur Näherei. Vektor-Bilder in der hand…

Verschiedene Werkzeuge für die Nähwerkstatt. Vektorbilder im handgezeichneten Stil. Handwerk nähen und handgefertigt mit Texter Illustration

näh- und handarbeitswerkzeuge und zubehör. — рукодельный сток-график, -клипарт, -мультики и -символ

Näh- und Handarbeitswerkzeuge und Zubehör.

Auswahl von nähfäden in schneiderei — стоковые фото и фотографии для рукоделия

Auswahl von Nähfäden in Schneiderei

Ausrüstung in der Schneiderei, Faden, Schwenknadel und Schere, Knöpfe und Modedesignpläne. Kippen von Gewinden in der Reihe

eine vielzahl von bunten stoffen gefaltet und über einen leinwand-tisch mit kopierplatz für text ausgelegt. — фото и фотографии для рукоделия

Eine Vielzahl von bunten Stoffen gefaltet und über einen Leinwand-

фон 100

Image Stitching

Citation

Обратите внимание, что Stitching, как и другие подключаемые модули, доступные через Fiji, основаны на публикации. Если вы успешно используете его для своих исследований, пожалуйста, процитируйте нашу работу:

doi:10.1093/bioinformatics/btp184

Введение

Существует растущий спрос на изображения больших биологических образцов с высоким разрешением. Обычно такие образцы не помещаются в поле зрения микроскопа. Чтобы преодолеть этот недостаток, моторизованные столики, перемещающие образец, используются для создания мозаичного сканирования всего образца. Физические координаты, предоставляемые предметным столиком микроскопа, недостаточно точны, чтобы обеспечить реконструкцию («сшивку») всего изображения из отдельных стопок изображений.

Плагин Stitching (2d-5d) способен реконструировать большие изображения/стеки из произвольного количества мозаичных входных изображений/стеков, используя теорему о сдвиге Фурье, которая вычисляет все возможные переводы (x, y[ z]) между двумя 2d/3d изображениями одновременно, обеспечивая наилучшее перекрытие с точки зрения меры взаимной корреляции. Если используется более двух входных изображений/стеков, правильное размещение всех плиток определяется с помощью глобальной оптимизации. Сшивка способна выравнивать произвольное количество каналов и поддерживает регистрацию покадровой съемки. Чтобы убрать разницу яркости на границах тайла, можно применить нелинейное смешивание интенсивности.

Обратите внимание: это новая реализация плагина Stitching, которая, наконец, основана на Imglib и поддерживает множество новых функций:

• составные изображения и гиперстеки теперь
• запись сшитого изображения послойно непосредственно на диск (значительно снижает требования к оперативной памяти)
• открывать входные изображения как виртуальные стеки (значительно снижает требования к оперативной памяти)
• покадровое выравнивание с различными вариантами сшивки
• субпиксельное разрешение
• поддержка различных типов сеток (строка за строкой, столбец за столбцом, змейка и т. д.)
• считать приблизительное положение плитки из метаданных изображения

Благодаря виртуальным входным стекам и прямому экспорту результата на диск теперь можно сшивать произвольное количество фрагментов изображения с ограниченными ресурсами оперативной памяти.

Документацию по коллекции плагинов old Stitching можно найти здесь: Stitching 2D/3D.

Обзор подключаемых модулей для сшивания

Пакет сшивания изображений включает 2 различных подключаемых модуля:

• Попарное сшивание : сшивание двух изображений 2d-5d, прямоугольные области интереса можно использовать для ограничения области поиска.
• Сшивание сетки/коллекции : Сшивание произвольного количества входных изображений 2d-5d. Он поддерживает случаи, когда приблизительное выравнивание известно (сетка, хранится в файле, метаданные), а также полностью неуправляемое выравнивание.

Хотя оба подключаемых модуля используют многоуровневые контекстно-зависимые общие диалоговые окна, они полностью поддерживают макроскрипты.

Попарное сшивание

Показывает выбор входных изображений.

Функция «Попарное сшивание» сначала запрашивает два входных изображения, которые вы хотите сшить. Они могут содержать прямоугольные области интереса, которые ограничивают поиск этими областями, однако полные изображения будут сшиты вместе. После того, как вы выбрали входные изображения, он покажет фактическое диалоговое окно для парного сшивания. Диалог будет зависеть от размерности входных изображений. Обратите внимание, что входные изображения RGB будут преобразованы в 8-битные составные изображения.

• Линейное смешивание : В области перекрытия интенсивность плавно регулируется между двумя изображениями.
• Среднее : В перекрывающейся области вычисляется средняя интенсивность между всеми изображениями (пример исходного кода).
• Медиана : В области перекрытия вычисляется медианная интенсивность всех изображений.
• Макс. Интенсивность : В области перекрытия в выходном изображении используется максимальная интенсивность между всеми изображениями.
• Мин. Intensity : В области перекрытия в выходном изображении используется минимальная интенсивность между всеми изображениями.
• Наложение на композит : все каналы всех входных изображений будут помещены в выходное изображение как отдельные каналы.
• Не объединять изображения : выходные изображения не будут вычисляться, вычисляется только перекрытие.

Отображает диалоговое окно «Попарное сшивание».

количество вершин определяет количество проверяемых максимумов в матрице фазовой корреляции. Если строчка была неправильной, может помочь увеличение этого числа.

Если вы не отметите вычисление перекрытия , плагин просто применит перевод, который можно вставить ниже.

Если вы отметите точность над пикселями , плагин вычислит точное выравнивание в подпикселях между двумя изображениями (это почти не требует времени вычислений, но немного оперативной памяти). Кроме того, если активирована субпиксельная локализация, для слияния будет использоваться линейная интерполяция. В противном случае интерполяция применяться не будет.

При выборе каналов регистрации вы определяете, какая часть данных будет использоваться для вычисления перекрытия. Это не влияет на то, как данные объединяются.

Если входные стеки представляют собой замедленные изображения, у вас будут разные варианты выравнивания во времени:

• Применить регистрацию первой временной точки ко всем другим временным точкам : Плагин будет вычислять только сшивку для первого момента времени и предположим, что этот сдвиг правильный для всех моментов времени.
• Регистрация изображений рядом во времени : Сшивка будет вычислять сдвиг между всеми изображениями всех временных точек, а также между каждым изображением и тем же изображением следующей временной точки. Схема глобальной оптимизации будет использоваться для минимизации глобальной ошибки и отклонения выбросов. Параметры для этой глобальной оптимизации будут запрошены в дополнительном диалоговом окне.
• Глобальная регистрация всех изображений во всех временных точках (дорого!) : Сшивание вычислит сдвиг между всеми временными точками и всеми изображениями, что займет значительное время. Схема глобальной оптимизации будет использоваться для минимизации глобальной ошибки и отклонения выбросов. Параметры для этой глобальной оптимизации будут запрошены в дополнительном диалоговом окне.

Показывает дополнительную опцию для парного сшивания при выравнивании всех временных точек друг с другом.

Если глобальная оптимизация необходима для регистрации момента времени, появится другое диалоговое окно с запросом дополнительных параметров:

• Параметры вычисления : Если вы выберете Сохранить память (но медленнее) , сшивка будет вычисляться попарно корреляции одна за другой. Хотя это выполняется в многопоточном режиме, это медленнее, чем вычисление столько парных корреляций одновременно, сколько процессоров доступно, выполненное с помощью опции 9.0305 Экономьте время вычислений (но используйте больше оперативной памяти) .
• Порог максимального/среднего смещения : После вычисления перекрытия между всеми отдельными плитками глобальная оптимизация вычисляет оптимальное расположение всех плиток. После этого некоторые пары изображений будут размещены по-разному по сравнению с индивидуальным выравниванием, которое мы называем смещением. Если нет серьезных ошибок выравнивания, среднее и максимальное смещение будет ниже или около 1 пикселя. Если одно из отдельных выравниваний между двумя изображениями было неправильным, эта пара будет сильно смещена в глобальной оптимизации, поскольку все другие соединительные плитки тянут ее к правильному глобальному положению. Если максимальное смещение значительно превышает среднее, это означает, что данное индивидуальное выравнивание, скорее всего, неверно и будет удалено. Примечание. Изображение будет удалено только в том случае, если больше нет ссылки на другое изображение.
• Порог абсолютного смещения : Удаляет связи между изображениями, если абсолютное смещение выше этого значения.

Сшивка сетки/коллекции

Этот плагин может сшивать произвольную коллекцию или сетку изображений, неважно, являются ли они 2D, 3D, 4D или 5D изображениями, если все изображения одного типа. В отличие от парного сшивания двух изображений, этот плагин будет загружать (и, возможно, сохранять) изображения с/на жесткий диск.

Отображает диалоговое окно выбора сетки/коллекции.

Пожалуйста, обратите внимание, что вы должны воспользоваться случаем, чтобы дать сетке/сшивке коллекции подсказку о том, каково примерное расположение плиток, если вы можете. Это значительно сократит вычислительные усилия и повысит вероятность успеха. Если это невозможно, выберите опцию Неизвестные позиции , и Stitching попытается определить правильное выравнивание без посторонней помощи.

Первое диалоговое окно запрашивает набор изображений или сетку изображений, которые вы хотите собрать. Для каждого основного типа обычно есть несколько подтипов, из которых вы можете выбирать. Для облегчения понимания каждый вариант сопровождается маленькой цифрой:

• Сетка: построчно : Изображения расположены в сетке, одна строка за другой. После завершения строки новая всегда начинается с той же позиции, что и предыдущая строка (возврат каретки, как при чтении текста).
  • Вправо и вниз : Начните с верхнего левого угла и двигайтесь вниз строка за строкой.
  • Влево и вниз : Начните с верхнего правого угла и двигайтесь вниз строка за строкой.
  • Вправо и вверх : Начните с нижнего левого угла и поднимайтесь вверх строка за строкой.
  • Влево и вверх : Начните с правого нижнего угла и поднимайтесь вверх строка за строкой.
• Сетка: столбец за столбцом : Изображения располагаются в виде сетки, один столбец за другим. После завершения столбца новый всегда начинается с той же позиции, что и предыдущий столбец (возврат каретки).
  • Вниз и вправо : Начните с верхнего левого угла и идите вправо столбец за столбцом.
  • Вниз и влево : Начните с верхнего правого и идите влево столбец за столбцом.
  • Вверх и вправо : Начните с нижнего левого угла и двигайтесь вправо столбец за столбцом.
  • Влево и вверх : Начните с правого нижнего угла и двигайтесь влево столбец за столбцом.
• Сетка: змейка по рядам : Изображения располагаются в виде сетки, одна строка за другой. После того, как строка закончена, следующая строка начинается в обратном порядке с места, где закончилась предыдущая строка (без возврата каретки, как змейка).
  • Вправо и вниз : Начните с верхнего левого угла и идите вправо, затем на одну строку вниз, затем влево, затем вниз, затем вправо, …
  • Влево и вниз : Начните в правом верхнем углу и идите влево, затем на одну строку вниз, затем вправо, затем вниз, затем влево, …
  • Вправо и вверх : Начните с нижнего левого угла и идите вправо, затем на одну линию вверх, затем влево, затем вверх, затем вправо, …
  • Влево и вверх : Начните снизу справа и идите влево, затем на одну линию вверх, затем вправо, затем вверх, затем влево, …
• Сетка: змейка по столбцам : Изображения располагаются в виде сетки, один столбец за другим. После завершения столбца следующий начинается в обратном порядке с того места, где закончился предыдущий (без возврата каретки, как змейка).
  • Вниз и Вправо : Начните с верхнего левого угла и спускайтесь вниз, затем один столбец вправо, затем вверх, затем вправо, затем вниз, …
  • Вниз и Влево : Начните сверху справа и идите вниз, затем на один столбец влево, затем вверх, затем влево, затем вниз, …
  • Вверх и Вправо : Начните снизу слева и идите вверх, затем один столбец вправо, затем вниз, затем вправо, затем вверх, …
  • Вверх и Влево : Начните снизу справа и идите вверх, затем на один столбец влево, затем вниз, затем влево, затем вверх, …
• Позиции, определенные в имени файла : Приблизительные позиции каждой плитки закодированы в имени файла.
• Неизвестные позиции : Позиции каждой плитки неизвестны, и Сшивка попытается их определить.
• Позиции из файла : Приблизительное положение каждой плитки определяется в дополнительном файле или метаданными.
  • Определено TileConfiguration : В следующем диалоговом окне будет запрошен файл конфигурации плитки, в котором указаны имена файлов, а также приблизительное положение каждой плитки в пиксельных координатах. Это особенно полезно, если плитки расположены таким образом, что не покрываются никакими другими параметрами сетки/змейки — или, может быть, также в z! Ниже вы найдете пример файла конфигурации плитки. Если вы хотите создать такой файл вручную или автоматически, я предлагаю создать его с помощью сшивания сетки (даже если у вас нет данных изображения) и изменить его соответствующим образом.
  • Определено метаданными : Используйте этот параметр, если все плитки хранятся в одном большом файле, который также содержит приблизительные позиции этапов в своих метаданных. При импорте у вас будет возможность еще больше увеличить перекрытие и определить, будут ли координаты сцены откалиброваны или в координатах пикселей.

После того, как вы выбрали тип сбора данных, появится второе диалоговое окно, которое немного отличается в зависимости от вашего первого выбора. Здесь я объясню диалог, который используется для любой сетки, так как он самый сложный.

Пользователь должен определить размер сетки , что означает расположение входных фрагментов (например, 7 x 7 фрагментов изображения). Перекрытие тайлов является приблизительной оценкой. Примечание. Меньшее перекрытие сокращает время вычислений, но если правильное выравнивание не найдено, попробуйте сначала увеличить это значение.

Сшивка по сетке предполагает, что плитки, расположенные в сетке любого вида, нумеруются постепенно. Индекс первой плитки i определяет номер первой плитки в вашей приблизительной конфигурации плитки (см. рисунок выше). Далее вам нужно выбрать каталог , который содержит различные плитки. Примечание: если у вас есть только один большой файл, содержащий все тайлы, выберите в первом диалоге опцию Позиции из файла -> Определено метаданными .

Следующая запись Имя файла для плитки в диалоговом окне используется, чтобы указать плагину, как найти изображения, которые находятся в сетке (например, 49 разных имен файлов). Предположим, файлы просто названы так:

tile_001.lsm tile_002.lsm …. плитка_049.lsm

, который преобразуется в следующую запись tile_{iii}.lsm . Он сообщает плагину, куда поместить увеличивающийся индексный номер и , и, кроме того, использовать начальные нули длиной 3. Если тайлы будут называться tile_1.lsm tile_2.lsm …. tile_49.lsm , это будет преобразовано в tile_{i}.lsm .

Если в качестве типа выбрать «Позиция, определяемая именем файла / Определенная именем файла », приблизительные координаты в сетке должны быть частью имени файла. Предполагая, что ваши файлы называются:

tile_x01_y01.lsm tile_x02_y01.lsm …. tile_x10_y10.lsm

это будет преобразовано в следующий шаблон: tile_x{xx}_y{yy}. lsm .

Имя выходного текстового файла определяет текстовые файлы, которые будут содержать начальную приблизительную компоновку сетки и окончательные позиции каждой плитки после регистрации.

Методы слияния почти такие же, как и для попарного сшивания, пожалуйста, ознакомьтесь с ними выше.

Следующие три записи описывают поведение глобальной оптимизации:

• порог регрессии : Если порог регрессии между двумя изображениями после индивидуального сшивания ниже этого числа, считается, что они не перекрываются. Типичные значения для хорошей регистрации превышают 0,7, однако в зашумленных изображениях с меньшим содержанием также небольшие пороги регрессии могут быть правильным перекрытием.
• порог максимального/среднего смещения : После вычисления перекрытия между всеми отдельными плитками глобальная оптимизация вычисляет оптимальное расположение всех плиток. После этого некоторые пары изображений будут размещены по-разному по сравнению с индивидуальным выравниванием, которое мы называем смещением. Если нет серьезных ошибок выравнивания, среднее и максимальное смещение будет ниже или около 1 пикселя. Если одно из отдельных выравниваний между двумя изображениями было неправильным, эта пара будет сильно смещена в глобальной оптимизации, поскольку все другие соединительные плитки тянут ее к правильному глобальному положению. Если максимальное смещение значительно превышает среднее, это означает, что данное индивидуальное выравнивание, скорее всего, неверно и будет удалено. Примечание. Изображение будет удалено только в том случае, если больше нет ссылки на другое изображение.
• Порог абсолютного смещения : Удаляет связи между изображениями, если абсолютное смещение выше этого значения.

Теперь есть ряд переключателей, которые вы можете включить или отключить.

Во-первых, вы можете добавить плитки в качестве ROI , что создаст ROI в ImageJ RoiManager для каждой сшитой плитки. Если возможно, имя ROI будет содержать исходный файл для соответствующей плитки, что позволит легко идентифицировать интересующие изображения. Это также активирует и выберет инструмент выбора области интереса, чтобы вы могли выбрать область интереса, покрывающую желаемую визуальную область.

Затем вы можете выбрать, следует ли вычислять перекрытие или доверять (приблизительному) местоположению, определенному сеткой, метаданными или файлом конфигурации плитки.

Параметры инвертировать x и инвертировать y чрезвычайно важны, если вы знаете, что ваш набор данных был собран с инвертированными координатами по любой из этих осей. Если сшитое изображение возвращается с перевернутыми плитками по горизонтали и/или по вертикали, попробуйте включить эти параметры (при необходимости).

Параметр игнорирования положения Z стадии может быть полезен, если отдельные плитки для заданной плоскости XY в вашем наборе данных были получены в немного разных положениях Z (например, на наклонном градиенте). Плагин сшивания использует сопоставление позиций Z для определения плоскостей XY, поэтому, если ваше сшитое изображение возвращается с большим количеством пустого пространства и плитками, разбросанными между фрагментами, попробуйте этот вариант.

Если вы отметите точность над пикселями , плагин вычислит точное выравнивание в подпикселях между двумя изображениями (это почти не требует времени вычислений, но немного оперативной памяти). Кроме того, если активирована субпиксельная локализация, для слияния будет использоваться линейная интерполяция. В противном случае интерполяция применяться не будет.

Если выбрано плиток пониженной разрешения , во время процесса сшивки появится диалоговое окно, позволяющее указать новый (меньший) размер изображения. Текущий размер изображения будет отображаться первым. Вы можете ввести новый масштаб (от 0 до 1) или прямое значение в пикселях для новой высоты и ширины. Можно выбрать различные алгоритмы интерполяции. Когда вы довольны настройками даунсемплера, нажмите ok и сшивание продолжится. Обратите внимание, что субдискретизация будет происходить перед сопоставлением или объединением плиток, поэтому использование этого параметра может значительно ускорить эти операции и уменьшить объем памяти, занимаемый окончательным объединенным изображением.

Теперь вы можете открыть входные стеки как виртуальных стеков . Это приводит к значительному снижению потребления памяти, однако для выполнения вычислений требуется больше времени.

Параметры расчета : Если вы выберете Экономить память (но работать медленнее) , сшивка будет вычислять все парные корреляции одну за другой. Хотя это выполняется в многопоточном режиме, это медленнее, чем вычисление столько парных корреляций одновременно, сколько процессоров доступно, выполненное с помощью опции 9.0305 Экономьте время вычислений (но используйте больше оперативной памяти) .

Наконец, вы можете выбрать, отображать ли результат или записать объединенное изображение на диск. Если вы решите записать его на диск, для этого потребуется очень мало памяти, поскольку он записывает его послойно. Позже вы можете открыть этот набор данных виртуально или частично и преобразовать его обратно в Hyperstack (Image › Hyperstacks › Stack to Hyperstack…). Однако запись его непосредственно на диск займет больше времени, чем просто его отображение.

Плагин Grid Collection/Stitching

См. страницу плагина Grid/Collection Stitching для получения полного набора инструкций по использованию Grid/Collection Stitching на Фиджи.

Проблемы, известные проблемы и решения

Если вывод неправильный

Если сшивка сетки/коллекции не может создать правильное выходное изображение, вы можете сделать это самостоятельно итеративно, используя плагин Pairwise Stitching. Вы просто начинаете с первых двух изображений и объединяете их. Используя ROI в явно похожих областях, вы можете добиться правильного выравнивания. Затем вы объединяете результат с третьим изображением и так далее. Самым большим недостатком, помимо затрат времени, является то, что вы можете использовать только максимальную интенсивность в качестве метода слияния, иначе изображение будет выглядеть странно. Кроме того, он будет потреблять больше памяти.

Проблемы с загрузкой изображений

Для загрузки микроскопических изображений мы используем импортер LOCI Bioformats. Если у вас возникли проблемы с загрузкой файлов, сначала конвертируйте их в формат TIFF, он должен нормально читаться.

Минимальное количество z-секций

Трехмерное сшивание не будет работать, если размер z-Stack меньше 3 пикселей. Если вы хотите воссоздать такое изображение из очень тонких плиток, дублирование некоторых стопок должно решить проблему. Или вы пытаетесь работать только с проекциями максимальной/средней интенсивности тонких стеков.

Регистрация разных каналов друг для друга

Плагин не предназначен для регистрации разных каналов друг для друга. Однако, если вы все равно хотите это сделать, просто преобразуйте каналы в временные точки и запустите их, как если бы это была замедленная регистрация. После этого вы можете преобразовать его обратно. Проще всего этого добиться, используя Изображение > Гиперстеки > Изменить порядок гиперстека…

Выравнивание интервальной съемки для сшивания сетки/коллекции

Вы могли заметить, что сшивка сетки/коллекции не предлагает никаких вариантов для покадрового выравнивания, хотя и делает это. выполнить это. На данный момент он всегда использует вариант Применить регистрацию первой временной точки ко всем другим временным точкам (как доступно в Pairwise Stitching)

У меня есть известное приблизительное расположение плиток, но это не какая-либо из сеток

Если у вас все еще есть известное расположение тайлов, которые не покрыты ни одним из методов сетки, вы можете сами создать файл конфигурации тайлов, который примерно описывает расположение, включая перекрытие. Вы можете использовать это в качестве входных данных для вышивания сетки/коллекции (опция 9).0243 Позиции из файла -> Определено TileConfiguration ), чтобы уточнить его и найти правильное выравнивание. Вот пример TileConfiguration.txt:

 # Определяем количество измерений, над которыми мы работаем
тусклый = 3
# Определяем координаты изображения (в пикселях)
img_73.tif; ; (0,0, 0,0, 0,0)
img_74.tif; ; (409,0, 0,0, 0,0)
img_75.tif; ; (0,0, 409,0, 0,0)
img_76.tif; ; (409,0, 409,0, 0,0)
img_77. tif; ; (0,0, 818,0, 0,0)
img_78.tif; ; (409,0, 818,0, 0,0)
 

Я хочу определить другое перекрытие для X и Y с помощью Grid-Layout

Этот параметр существует, но по умолчанию он отключен, поскольку он, вероятно, требуется только в нестандартных сценариях. Включить его можно следующим образом с помощью редактора скриптов :

• Файл › Создать › Скрипт
• Язык › Beanshell
• введите следующую строку:

 plugin.Stitching_Grid.seperateOverlapY = true;
 

• нажмите Выполнить

Отныне будет второй ползунок для перекрытия по Y на запущенном в данный момент экземпляре Fiji .

Я хочу изменить параметр смешивания для слияния

Вы можете изменить долю смешиваемой области с помощью языка сценариев. По умолчанию установлено значение 0,2 (20%), но вы можете изменить его на любое значение от 0 до 1. Это можно сделать с помощью редактора сценариев :

• Файл › Создать › Сценарий
• Язык › Beanshell
• введите следующую строку, чтобы изменить ее, например, на 10%:

 mpicbg. stitching.fusion.BlendingPixelFusion.fractionBlended = 0,1;
 

• нажмите Выполнить

С этого момента смешивание будет работать только на внешних 10% каждой плитки. Это изменение действительно только для экземпляра Fiji , который в настоящее время работает.

Я хочу игнорировать движение плиток по Z

Иногда люди хотят сшивать только по x и y, но не по z. Существует специальный способ достижения этого, который будет игнорировать перевод в z только во время глобальной оптимизации и слияния. Если это окажется более полезным, я интегрирую более правильно.

Активировать опцию можно с помощью редактора скриптов :

• Файл › Создать › Скрипт
• Язык › Beanshell
• введите следующую строку:

 mpicbg.stitching.GlobalOptimization.ignoreZ = true;
 

• нажмите Выполнить

С этого момента любое смещение по оси z будет игнорироваться при 3D-съемке. Это изменение действительно только для экземпляра Fiji , который в настоящее время работает.

Результаты и время вычисления

На рисунке показаны сшитые изображения 3D конфокальных плиток. (A) показаны куколки Drosophila melanogaster, экспрессирующие репортер GFP под контролем гена yellow, полученные за несколько часов до вылупления с использованием 4-кратной сухой линзы на конфокальном микроскопе Optiphot (Nikon). Он был сшит из трех стопок изображений, расположенных в сетке 1 × 3 (первая строка таблицы 1). Показана проекция максимальной интенсивности. (В) показана нервная система личинок дрозофилы, окрашенная тремя красителями, сшитая из сетки изображений RGB 2 × 3 (см. таблицу 1, вторая строка), показана проекция максимальной интенсивности. (C) показывает зону в дорсальном конечном мозге эмбриональной ткани человека с 17-й недели после зачатия, инкубированную в течение 24 часов при 37°C в DiI. Изображение было получено с помощью объектива 63×/1,4 на Zeiss LSM 510, оснащенном моторизованным предметным столиком. Окончательное изображение было создано из 24 стеков изображений, расположенных в сетке 4 × 6 (см. таблицу 1, третья строка), показан фрагмент 18. Особая благодарность Николасу Гомпелю, Джеймсу В. Трумэну, Симоне Фитц и Виланду Б. Хаттнеру за предоставленные изображения.

Интерактивные примеры этих наборов данных см. здесь.

плитка	Индивидуальный размер плитки	размер выходного изображения	размер выходного изображения	время вычисления	мин./средн./макс. рабочий объем
3	1024×1024×42	1097×2345×43	108 МБ (8 бит)	0:42 мин	0,00/0,00/0,00 пикселей
6	512×512×86	975×1425×86	350 МБ (RGB)	1:20 мин	0,60/0,77/1,05 пикс.
24	1024×1024×68	3570×5211×70	1200 МБ (8 бит)	22:43 мин	0,49/0,76/0,99 пикселей
72	512×512×122	3391×3847×145	1850 МБ (8 бит)	43:10 мин	0,00/0,39/0,64 пикселей
63	1024×1024×92	6088×7667×119	5424 МБ (8 бит)	178:57 мин	0,00/0,66/1,18 пикселей

В таблице показаны примеры объединенных данных, рассчитанных на компьютере с четырехъядерным процессором Intel® с тактовой частотой 2,67 ГГц и 24 ГБ ОЗУ. Глобальные выравнивания всех стежков имеют среднюю ошибку менее 1 пикселя, смещения в строке 1 равны нулю, потому что два выравнивания независимы друг от друга. Обратите внимание, что время вычисления масштабируется примерно линейно с размером выходного изображения.

Для любого типа комментариев, вопросов или предложений пишите по адресу [email protected] или посетите мою домашнюю страницу.

Благодарности

Сшивание зависит от нескольких библиотек. Я хочу поблагодарить всех авторов за их поддержку и помощь:

• Mines Java Toolkit (JTK): Дейв Хейл, эффективная реализация одномерного БПФ.
• Пакет трансформации MPI-CBG от Stephan Saalfeld.
• Imglib: библиотека обработки N-мерных изображений для Java от Stephan Preibisch и Stephan Saalfeld (теперь заменена ImgLib2).
• fiji-lib и Fiji_Plugins: библиотеки Фиджи от Йоханнеса Шинделина.
• Bio-Formats Java-библиотека для чтения и записи форматов файлов изображений для медико-биологических наук.